Perguruan tinggi merupakan salah satu organisasi yang terkena dampak langsung dan cukup berat dari pelaksanaan HaKI. Jumlah pemakai yang cukup banyak dan harga lisensi yang mahal merupakan kendala dari sisi finansial. Sementara di sisi lain, tuntutan moral terhadap perguruan tinggi untuk menghargai properti intelektual tentu lebih kencang diarahkan ke institusi pendidikan. Salah satu jalan tengah yang sudah mulai diterapkan untuk mengatasi persoalan ini adalah dengan pemakaian lisensi kerja sama antara perguruan tinggi dengan vendor.
ITB melakukan kerja sama dengan Microsoft dalam bentuk Campus Agreement (CA) untuk pembelian lisensi. Informasi pemakaian perangkat lunak legal di ITB dikelola oleh PSDI. Sedangkan rektor UGM menyebutkan bahwa penghormatan untuk HaKI merupakan landasan yang penting dan untuk itu mereka juga melakukan Campus Agreement dengan pihak vendor. Dalam catatan Detikinet UGM merupakan perguruan tinggi negeri ketiga di Indonesia yang menandatangani perjanjian ini setelah ITB dan ITS.
Dari sisi harga sendiri, Tony Chen, Presiden Direktur Microsoft Indonesia, menyebutkan diskon yang diberikan untuk universitas dapat mencapai 80-85% dan 90% untuk mahasiswa. Daftar harga perangkat lunak produk Microsoft untuk Indonesia sendiri dapat diambil dari Microsoft Suggested Retail Price yang terdapat di halaman pembuka Microsoft Indonesia.
[22 Okt] Berdasarkan Dokumentasi Email Informasi berupa pemberitahuan dari Intan Ahmad, PSDI, tertanggal 30 September 2003, terdapat 11 perguruan tinggi negeri dan swasta yang mempunyai Campus Agreement dengan Microsoft.
